对排污者征收排污费，从根本上说是为了促使排污者加强对污染物的治理，确保环境安全，具体程序为：
一、申报。每年12月15日前，排污者向环保局环境监理大队申报污染物排放种类和数量，填写《排放污染物申报登记统计表》。填报的数据以上年污染物排放数据为基础，年底申报的监测数据为依据。新建、改建、扩建和技术改造建设项目的排污申报登记，应在项目试生产前3个月内办理排污申报手续。
二、审核。每年1月15日前，环保局对排污者申报的污染物种类及数量进行全面审核。经审核符合要求的，发回《排污申报登记表》；审核不符合规定的责令补报，不补报的视为拒报。
三、根据审核合格的《排污申报登记表》，按月或季对排污单位排放的污染物进行核定，核定后10日内向排污者送达《排污核定通知书》。如排污者对此有异议，则在收到通知的7日内向环保局申请复核，环保局则在10日内作出复核决定并送达排污者。
四、征收。环境监理大队根据核定的污染物排放数据，按照国家规定的排污费计算方法，计算确定排污者应缴纳的废水、废气、噪声、固废等收费因素的排污费，下发《排污费缴纳通知单》予排污者，并同时向社会公告。排污者在接到通知单7日内须到指定的商业银行缴纳排污费。7日内未按规定缴费的，从第8日起加收2‰的滞纳金，并责令限期缴纳。逾期拒不缴纳的，处以应缴纳排污费的1至3倍罚款，并报经县人民政府批准，责令停产整顿。
五、行政复议和行政诉讼
（一）行政复议
排污者若对《排污费缴纳通知单》或处罚决定不服的，在接通知之日起60日内向作出处罚决定的上一级环保部门或县人民政府申请复议。
（二）行政诉讼
排污者对环保部门作出的《排污费缴纳通知单》不服的，可在接到《排污费缴纳通知单》之日起3个月内，向县人民法院提起诉讼。
排污者对环保部门作出的处罚决定不服的，可在接到处罚决定之日起15日内，向县人民法院提起诉讼。
既不向上级机关或县人民政府申请复议，又不向人民法院提起诉讼，同时也不履行处罚决定的，在复议或诉讼期满之日起180日内，由县环保局向县法院申请强制执行。